Weitere Arbeitszusammenhänge und langjährige Kooperationen bestehen mit:
Deutsches Filminstitut / Deutsches Filmmuseum, Frankfurt am Main
Exzellenzcluster »Normative Ordnungen« an der Goethe-Universität Frankfurt am Main
Gedenkstätte Ehrenhain Zeithain
Gedenkstätte Hadamar
Gedenkstätte Haus der Wannseekonferenz
Gedenkstätte KZ Osthofen
Georg-Eckert-Institut für internationale Schulbuchforschung
Hannah-Arendt-Institut für Totalitarismusforschung e.V. an der TU Dresden
Hessischer Rundfunk, Frankfurt am Main
Historisches Museum, Frankfurt am Main
Institut für Zeitgeschichte München/Berlin
ITS Bad Arolsen
Jena Center Geschichte des 20. Jahrhunderts
Klassik Stiftung Weimar
KZ-Gedenkstätten Buchenwald und Mittelbau-Dora
KZ-Gedenkstätte Dachau
KZ-Gedenkstätte Neuengamme
Lehrstühle für Neuere und Neueste Geschichte beziehungsweise Zeitgeschichte an den Universitäten Augsburg, Berlin, Freiburg im Breisgau, Hamburg, Jena, Konstanz, Tübingen
Sigmund-Freud-Institut, Frankfurt am Main
Stadt Dachau und Max Mannheimer Studienzentrum Dachau
Stiftung Topographie des Terrors, Berlin
Verein Lernort Zivilcourage & Widerstand e.V. Projekt Lernort Kislau
Zentrum für Antisemitismusforschung, TU Berlin
Auf internationaler Ebene kooperiert das Fritz Bauer Institut kontinuierlich mit folgenden Institutionen:
Anne Frank Fonds, Basel
Conference on Jewish Material Claims Against Germany, New York und Frankfurt am Main
Deutsches Historisches Institut Moskau
Franz Rosenzweig Minerva Research Center, Jerusalem
United States Holocaust Memorial Museum, Washington D.C.
Leo Baeck Institute, London
Minerva Institute for German History and Wiener Library, Universität Tel Aviv
Państwowe Muzeum Oświęcim-Brzezinka, Oświęcim
Richard Koebner Minerva-Zentrum für Deutsche Geschichte an der Hebräischen Universität Jerusalem
Universität Wien, Institut für Zeitgeschichte
USC Shoah Foundation Center for Advanced Genocide Research, University of Southern California
Van Leer Institute, Jerusalem
Wiener Library, London
Wiener Wiesenthal Institut für Holocaust- Studien
Yad Vashem, Jerusalem
Fritz Bauer Institut
An-Institut der Goethe-Universität Frankfurt am Main Norbert-Wollheim-Platz 1 60323 Frankfurt am Main